استوطنت الجزيرة خلال فترات ما قبل التاريخ، حيث كانت موقع جنة عدن ، ولموقع البحرين الإستراتيجي في الخليج العربي جلب العديد إليها من بينهم الآشوريين، والبابليين، والإغريق، والفرس. كما شد الموقع الجغرافي لأرخبيل البحرين في منتصف جنوب الخليج العربي العديد من الغزاة إليها.
ويشير اسم "البحرين" كدلالة إلى كون البلاد تحوي مصدرين للمياه هما عيون المياه الحلوة، والمياه المالحة في البحار المحيطة بها.
في عام 2300 ق.م.، مكنها موقعها الجغرافي من جعلها مركزاً تجارياً بين حضارة ما بين النهرين (حالياً العراق) وبين وادي السند (وهي المنطقة القريبة من الهند في الوقت الراهن). وكان بداية أزدهار هذه التجارة ونموها خلال حضارة دلمون التي ارتبطت بالحضارة السومرية في الألفية الثالثة قبل الميلاد. وكانت البحرين جزء من الإمبراطورية البابلية في الفترة قبل 600 من الميلاد.
وقد عرف الإغريق الجزيرة باسم تايلوس (Tylos) بينما عرفت قبيل ظهور الإسلام باسم أوال. وقد سميت بذلك نسبة إلى صنم على شكل رأس ثور، يقع في جزيرة المحرق الحالية، ويعبده أقوام من بني بكر بن وائل وتميم حسب ما تذكر المصادر الإسلامية. وقد كانت جزر أوال في تلك الفترة مرتبطة بالساحل الشرقي للجزيرة العربية، وشكلت الجزر في تلك الفترة مع المنطقة الممتدة من العراق شمالاً إلى قطر جنوباً إقليماً واحداً يسمى بلاد البحرين، وظلت الجزر مرتبطة سياسياً بشكل كبير بباقي بلاد البحرين منذ ذلك الوقت. فقد وقعت بلاد البحرين تحت هيمنة الفرس الساسانيين في تلك الفترة، يحكمونها عن طريق ولاة من العرب. وكان والي البحرين وقت ظهور الإسلام هو المنذر بن ساوى من بني تميم ومقره مدينة هجر (الأحساء الحالية)، وأكثر سكان الإقليم من قبائل عبد القيس وبني بكر بن وائل من ربيعة إلى جانب بني تميم. وقد كانت جزر البحرين، مركزاً للنصرانية النسطورية،[2] ثم صار إقليم البحرين من أوائل الأقاليم التي اعتنقت الإسلام، و ولى النبي محمد عليها العلاء الحضرمي في 629 م (العام السابع للهجرة) وبعثه برسالة سلمها إلى حاكمها المنذر بن ساوى التميمي. وفي الفتنة الثانية التي تلت موت الخليفة الأموي يزيد بن معاوية، احتلت طائفة النجدات من الخوارج بلاد البحرين ثم استعادها الأمويون زمن عبد الملك بن مروان. ومن آثار العصر الأموي في جزر البحرين بقايا مسجد الخميس، وهو من أقدم المساجد في التاريخ، وكان بناؤه في عهد الخليفة الأموي عمر بن عبد العزيز.
وبعد استيلاء العباسيين على الخلافة سنة 750 م (132 هـ) جعلوا بلاد البحرين وعمان تحت ولاية اليمامة، حتى ظهرت حركة القرامطة التي استولت على شرق الجزيرة العربية سنة 899 م، وجعلت عاصمتها في الأحساء. وقد كانت جزر أوال أول الأقاليم التي انسلخت عن القرامطة، وذلك عندما استقل بها أبو البهلول العوام من بني عبد القيس سنة 1058 م وخطب للخليفة العباسي القائم بأمر الله في صلاة الجمعة. وحاول القرامطة استعادة الجزر سنة 1066 م فصدّهم أبو البهلول عنها في معركة بحرية، وانقضّ عرب البحرين على القرامطة في الأحساء على إثر ذلك فسقطت دولتهم سنة 1076 م على يد العيونيين مستعينين بالسلاجقة. وبسقوط القرامطة تناوب على حكم بلاد البحرين ببرّها وجزرها عدة سلالات عربية، حيث استولى ابن عيّاش على القطيف وأوال من أبي البهلول العوام، ثم بسط العيونيون حكمهم على كافة بلاد البحرين سنة 1076 م،[3] تلاهم بعد ذلك العصفوريون سنة 1252 م،[4] ثم الجروانيون سنة 1330 م.[5] وتخلل ذلك احتلال أتابك فارس التركي لجزر البحرين بين 1235 و1253 م. وبعد عام 1330 م صارت بلاد البحرين تدفع الجزية لحكام هرمز، وفي هذه الفترة تظهر لأول مرة في المصادر التاريخية مدينة المنامة، عاصمة البحرين الحالية.[6] واستمرت البحرين تحت هيمنة هرمز حتى أوائل القرن الخامس عشر حين قامت قبيلة الجبور البدوية من بني عقيل على الجروانيين واستولت على كافة بلاد البحرين، وفرض زعيمهم أجود بن زامل الأتاوة على الهرمزيين.
ولا يمكن تحديد الوقت الذي انحسر فيه مسمى "البحرين" عن كافة شرق الجزيرة العربية واختصت به جزر البحرين،[7] إلا أن الرحالة الدمشقي ابن المجاور من أهل القرن السابع الهجري (الثالث عشر الميلادي)[8] والمغربي ابن بطوطة[9] (القرن الرابع عشر الميلادي) كانا من أقدم من استخدم اسم "البحرين" للدلالة على الجزر دون باقي شرق الجزيرة العربية.
في عام 1521 م وصل البرتغاليون إلى البحرين وأنزلوا قواتهم بها. ونازلهم فيها زعيم الجبور مقرن بن زامل فوقع قتيلاً في المعركة وبذلك سقطت جزر البحرين تحت الحكم البرتغالي لثمانين عاماً حتى قام الفرس الصفويون باحتلال الجزيرة سنة 1602 م. وقد ظلت تحت الهيمنة الفارسية بشكل مباشر أو غير مباشر حتى سنة 1783 م، تخلل ذلك غزوات من عمان (1717 و1738 م)[10][11] وفترات من الاستقلال على يد العرب الهولة.[12][13][14] وفي عام 1753 م، استولى نصر المذكور، الحاكم العربي لمدينة بوشهر الإيرانية، على البحرين نيابة عن كريم زند حاكم إيران.[15]
وفي سنة 1783 م قام العتوب بقيادة أسرة آل خليفة أهل الزبارة في قطر بهجوم بحري على البحرين، فهزموا نصر المذكور واستقلوا بالبحرين.[16][17][18] ولكن لم يستتب لهم الأمر إلا بعد التصدي لسلسلة من الغزوات العمانية بين عامي 1799 و1828 م،[19] كما اضطروا لدفع الجزية لإمارة الدرعية لبضع سنوات.[20] وقد جعل آل خليفة قاعدتهم في جزيرة المحرق، بينما كانت الحاضرة الكبرى في البحرين هي المنامة.
وبعد قيام الدولة السعودية الثانية حاول حاكمها فيصل بن تركي السيطرة على البحرين واستطاع فرض الزكاة عليها مؤقتاً. واستمرت النزاعات بين الطرفين وامتد حكم آل خليفة في بعض الأوقات إلى قلعة الدمام،[21] إلا أن تلك الفترة شهدت أيضاً دخول الإمبراطورية البريطانية إلى الخليج العربي. وقد كانت بريطانيا تعتبر الخليج بمثابة بحيرة بريطانية وحلقة اتصال مهمة في الطريق إلى ممتلكاتها في الهند.[22] وحرصت بريطانيا على بقاء البحرين مستقلة عن الدول المحيطة كالسعوديين، فقامت بريطانيا سنة 1859 م بإبلاغ فيصل بن تركي بأنها تعتبر البحرين "إمارة مستقلة،" وأرسلت أسطولاً بحرياً لحمايتها. وبعد عدة معاهدات بين بريطانيا وحكام البحرين وقع آل خليفة اتفاقية الحماية البريطانية سنة 1861 م،[23] وظلت البحرين محمية بريطانية حتى سنة 1971 م. وقد قدّر الرحالة البريطاني بالغريف عدد سكان البحرين وقت توقيع الاتفاقية بنحو 70,000 نسمة.[24]
وفي عام 1923 م عمت الاضطرابات البحرين بعد أن تصادمت قبيلة الدواسر السنية بالبحارنة الشيعة،[25] وقد كان الدواسر يعيشون في البحرين بشكل شبه مستقل عن آل خليفة[26] منذ قدومهم إلى البحرين من شرق الجزيرة العربية سنة 1845 م، فقام البريطانيون بإجبار الدواسر على الجلاء عن البحرين في ذلك العام وغادر معظمهم إلى الدمام على الساحل المقابل.[27]
اكتشف النفط في البحرين عام 1932، وشكل هذا الاكتشاف قفزة في اقتصادها. وأعلن البريطانيون استقلال البحرين في أغسطس 1971، وقامت إيران بادعاء حقها في حكم البحرين منذ أول اتفاقية بين البحرين والبريطانيين في القرن التاسع عشر، وجددت الحكومة الإيرانية مطالبها حين رأت نية بريطانيا مغادرة الخليج، إلا أنها قررت التوقف عن مطالبها في البحرين مقابل تنفيذ مطالب أخرى لها في المنطقة. وأجري على إثر ذلك استفتاء في البحرين تحت إشراف الأمم المتحدة سنة 1970 م صوت فيه البحرينيون لبقاء البحرين مستقلة عن إيران.
أفاد ازدهار النفط البحرين في الثمانينات بشكل كبير. أصبح الشيخ حمد بن عيسى آل خليفة أميراً على البحرين في مارس 1999 خلفاً لأبيه الشيخ عيسى بن سلمان آل خليفة. وقد شهدت البحرين تغييرات كبيرة منها عودة الحياة البرلمانية التي توقفت في عام 1975، وأعطيت المرأة الحق في التصويت، وأطلق سراح السجناء السياسيين، ووصفت منظمة العفو الدولية هذه التحولات، بفترة تاريخية لحقوق الإنسان في البحرين. كما وتحولت البحرين من دولة إلى مملكة في فبراير عام 2002 بعد التصويت على ميثاق العمل الوطني.
